Народився 26 квітня 1956 року в с. Онилове Фрунзівського району Одеської області.
Закінчив історичний факультет Одеського державного університету (1982).
Трудову діяльність розпочав у 1973 році вихователем групи продовженого дня Онилівської восьмирічної школи. Учитель історії (з 1982 року), заступник директора, з 1987 року директор середньої школи № 9 (нині гімназія № 2) м. Одеса.
За час роботи директором С.М. Вегерчук створив згуртований педагогічний колектив, новий тип школи — українську гімназію.
Гімназія є методичним майданчиком Одеського обласного інституту вдосконалення вчителів. Діють комп'ютерний клас, перші в Україні класи з мультимедійною системою навчання, інформаційно-комп'ютерна система управлінської діяльності, Інтернет.
Значна кількість учнів гімназії щорічно посідають призові місця в міських, обласних і всеукраїнських предметних олімпіадах, є переможцями міжнародних олімпіад. Гімназія нагороджена дипломами Академії наук України як «Школа 1991 року», управління освіти як «Краща гімназія 2004 року», визнана Міністерством освіти і науки України як навчальний заклад європейського рівня.
С.М. Вегерчук має публікації в науково-методичних журналах «Історія в школах України», «Південний архів», «Исторические записки Пензенського университета», «Наукові праці Запорізького університету». Бере активну участь у роботі наукових і науково-практичних конференцій. У 2003 році захистив дисертацію на здобуття наукового ступеня кандидата історичних наук.
Старший викладач кафедри нової та новітньої історії Одеського національного університету ім. І.І. Мечникова (за сумісництвом).
Делегат I та II з'їздів працівників освіти України.
Спеціаліст вищої кваліфікаційної категорії. Учитель-методист. Відмінник освіти України. Заслужений працівник освіти України (2001). Представлений у книгах Пошани «Лидеры ХХІ столетия» (2002) та «5000 влиятельных личностей Одесского региона» (2003). Людина року — 2004. Нагороджений Почесною відзнакою Одеського міського голови «Знак Пошани» (2004).