Народився 19 травня 1952 року в с. Миколаївка Борзнянського району Чернігівської області. Після закінчення фізико-математичного факультету Ніжинського державного педагогічного інституту ім. М.В. Гоголя вчитель математики (1973-1977), директор (1977-1981) загальноосвітніх середніх шкіл м. Ніжин; завідуючий відділом освіти Ніжинського міськвиконкому, завідуючий обласним відділом освіти м. Чернігів (1981-1985); начальник Чернігівського обласного управління освіти (1988-1991); доцент, декан факультету, перший проректор Чернігівського педагогічного університету (1993-1998). Перший проректор, завідуючий кафедрою математики та інформатики Республіканського вищого навчального закладу «Кримський гуманітарний університет» (м. Ялта).
За безпосередньої участі М.Я. Ігнатенка було ліцензовано та акредитовано 18 спеціальностей, відкрито 20 кафедр, запроваджено новітні технології навчання в Кримському гуманітарному університеті. Засновник наукової школи теорії та методики навчання математики, у межах якої проводяться наукові дослідження з визначення методологічних та методичних засад активізації навчально-пізнавальної активності студентів у процесі вивчення математичних дисциплін.
Член спеціалізованої вченої ради в Національному педагогічному університеті ім. М.П. Драгоманова.
Доктор педагогічних наук (1997), професор (1998). Відмінник народної освіти УРСР (1985). Заслужений працівник народної освіти УРСР (1991). Нагороджений медаллю ім. А.С. Макаренка (1990), Почесною грамотою Ради Міністрів АР Крим, знаком Міністерства освіти і науки України «За наукові досягнення» (2005).
Науковий доробок вченого складає понад 100 наукових праць, серед яких 7 монографій, 13 навчальних і навчально-методичних посібників, зокрема:
- «Активізація навчально-пізнавальної діяльності учнів старших класів при вивченні математики» (1997);
- «Практичні заняття з вищої математики» (2000);
- «Математика і мистецтво» (2004);
- «Геометрія, посібник для вступників до ВНЗ» (2005).