Народився 2 січня 1945 року в с. Синява Рокитнянського району Київської області. У 1973 році закінчив Українську ордена Трудового Червоного Прапора сільськогосподарську академію (м. Київ) за спеціальністю агрохімія та ґрунтознавство.
З 1963 року працював електромонтажником, з 1964 по 1967 рік служив у Прикордонних військах СРСР. З 1973 року працює в Українському інституті інженерів водного господарства м. Рівне (нині Національний університет водного господарства та природокористування).
Кандидат наук (1981), доктор сільськогосподарських наук (1990), доцент (1985), професор (1991). З 1995 по 2005 рік очолював створений ним факультет екології і землевпорядкування. Відкрив на факультеті спеціальності: охорона праці й екологія в будівництві, агрохімія і ґрунтознавство, водні біоресурси (1995-2002). З 1992 року завідуючий кафедрою екології. Керує аспірантурою та докторантурою.
М.О. Клименко вніс значний вклад у вивчення еволюції ґрунтового покриву Українського Полісся, екології сільськогосподарських ландшафтів урбанізованих територій.
Голова обласної організації Всеукраїнської екологічної ліги, регіонального відділення Міжнародної академії екології та безпеки життєдіяльності, експерт ВАК України, МОН України, академік Української екологічної академії наук, співвиконавець міжнародної наукової програми «Чистий Буг».
Відмінник освіти України. Заслужений діяч науки і техніки України. Заслужений працівник науки (з врученням «Зірки вченого» МАНЕБ). Нагороджений 2 медалями СРСР, медаллю ім. М. Ломоносова, бронзовою медаллю ВДНГ СРСР і Дипломами ВДНГ УРСР, знаком «Винахідник СРСР», Почесними грамотами Кабінету Міністрів України, Держводгоспу України, Міністерства освіти і науки України, Міністерства охорони навколишнього природного середовища України, лауреат Премії В.І. Вернадського (2002).
Автор понад 350 наукових праць, зокрема:
- «Почвенные режимы гидроморфных почв Полесья УССР», монографія (1990);
- «Особенности земледелия на мелиорованных землях Полесья Украины», монографія, у співавторстві (1992);
- «Екологія людини», навчальний посібник, у співавторстві (2004);
- «Моніторинг довкілля», підручник, у співавторстві (2006).