Народився 24 жовтня 1935 року в с. Олександрівка Літинського району Вінницької області.
Випускник фізико-математичного факультету Вінницького державного педагогічного інституту ім. М. Островського (1961) за фахом фізика та основи виробництва. Учитель фізики Якушинецької дитячої виховної колонії (1961-1969), Вінницьких середніх шкіл № 15 і № 33 (1969-1992). З 1992 року працює в фізико-математичній гімназії № 17 м. Вінниця.
Висококваліфікований спеціаліст, досконало володіє методикою викладання предмета. Має ґрунтовну теоретичну підготовку, майстерно використовує фізичний експеримент у своїй роботі. Учні М.П. Яковенка неодноразово перемагали на Всеукраїнських олімпіадах з фізики, а 2003 року його учениця Леся Щуцька стала першою дівчинкою в історії незалежної України, яка отримала медаль Міжнародної олімпіади з фізики.
Має велику кількість публікацій у всеукраїнських фахових виданнях з фізики: журналах «Фізика в школах України» і «Пошук», газеті «Фізика». Автор багатьох задач, що використовувалися при проведенні фізичних олімпіад різних рівнів. Розробив чимало оригінальних демонстраційних приладів, його учні неодноразово перемагали на конкурсах технічної творчості.
Учитель-методист. Заслужений вчитель України (2003). Нагороджений Почесною грамотою Кабінету Міністрів України (2004), Грамотами Міністерства освіти і науки України.